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Le mouvement des French Doctors, dont est issu Médecins du Monde , voit le jour en 1971 à l'initiative de Bernard Kouchner, de Max Récamier et de plusieurs autres médecins qui fondent Médecins sans Frontières. En rentrant du Biafra, où il avait servi sous les couleurs de la Croix Rouge, ce groupe décide de rompre avec la neutralité et le silence des grosses organisations. En 1979, des divergences apparaissent à l'occasion de l 'opération "Un bateau pour le Vietnam", Bernard Kouchner défendant l'idée qu'il faut affréter un navire, avec à son bord médecins et journalistes, afin de pouvoir soigner et aussi témoigner des violations des droits de l'homme sur le terrain. Cette opération est jugée trop médiatique par les autres dirigeants: Kouchner et une quinzaine de responsables quittent l'association pour fonder, en mars 1980, Médecins du Monde .

"L'Ile de Lumière" à la rescousse de milliers de Vietnamiens.
L'opération "Un bateau pour le Vietnam" trouve son prolongement dans l'action menée à partir du navire "L'Ile de Lumière" qui permet, jusqu'à la fin des années 80, de sauver plusieurs milliers de boat people.
Parallèlement, les autres premières missions de Médecins du Monde se développent sur les lignes de fracture de la guerre froide, en Afghanistan auprès de la guérilla antisoviétique, et au Salvador entre la guérilla et les Escadrons de la mort.

Au Salvador, où la guerre civile a jeté sur les routes et dans des camps insalubres des milliers de déplacés, la jeune association organise en 1981 un pont aérien et soixante tonnes de médicaments et de nourriture sont acheminées entre l'Europe et l'Amérique centrale. Après "L'Ile de Lumière", le Salvador devient la plus grande mission de Médecins du Monde.

Un nouveau combat : "le droit d'ingérence".
Le concept de "droit d'ingérence", adopté en 1987, sert de support aux opérations en Arménie, au Kurdistan et en Somalie. L'association est également au rendez-vous de l'insurrection roumaine en 1989, et la médecine humanitaire devient aussi un combat pour l'éthique, contre les atteintes à la déontologie. A cet effet, est signée à Cracovie, le 31 mars 1990, la Charte européenne de l'action humanitaire : le refus de l'exclusion, de la discrimination, de la torture et des manipulations génétiques côtoient la réaffirmation de l'engagement de la médecine humanitaire en faveur du respect des équilibres écologiques, de l'assistance à toutes les victimes et du droit international humanitaire.
Le conflit de l'ex-Yougoslavie incite Médecins du Monde à intervenir en Bosnie en 1991. Devant la brutalité systématique de la purification ethnique, l'association organise en 1993 une campagne qui dénonce les camps de détention serbes. De même au Rwanda, l'association porte au secours des victimes du génocide, dès 1994, puis des réfugiés dans les camps de l'Est du Zaïre.

La fin des années 80 est aussi marquée par l'expansion de l'épidémie de sida et la recrudescence de la pauvreté dans les pays industrialisés. Médecins du Monde se lance alors, avec la création de la première Mission France en 1986, dans un double projet : la lutte contre l'exclusion et la réduction des risques liés à l'injection des drogues par voie intraveineuse.
Avec la publication en 1995 des " Dix propositions pour l'accès aux soins pour tous ", Médecins du Monde réaffirme la priorité des soins avant tout examen administratif, qu'il s'agisse de personnes sans couverture sociale ou d'étrangers résidant durablement sur le territoire français, bloqués par le contrôle de leurs papiers. Cette idée est reprise en 1999 lors de la mise en place de la Couverture maladie universelle (CMU).

Tout au long des années 90, l'émergence de nouveaux conflits qui touchent en priorité des civils (Rwanda, Sierra Leone, Tchétchénie, Congo-Kinshasa, ex-Yougoslavie.) conduisent Médecins du Monde à réaffirmer vigoureusement le droit des populations civiles à la protection en cas de guerre. L'association milite aussi en faveur de la création de la Cour criminelle internationale, qui doit permettre de juger les personnes responsables de génocides, de crimes contre l'humanité et de violations du droit international humanitaire.
En 1999, la guerre dans les Balkans incite Médecins du Monde à intervenir en urgence et massivement aux frontières du Kosovo, en Macédoine, en Albanie et au Monténégro. L'association est également présente, en fin d'année, au Timor Oriental et en Tchétchénie.